गंगा बाढ़ नियंत्रण आयोग,जल शक्ति,नदी विकास और गंगा संरक्षण विभाग का एक अधीनस्थ कार्यालय है, इसका मुख्यालय पटना में है, इसकी स्थापना 1972 में भारत सरकार के संकल्प संख्या-एफ.सी.सी. 47(3)/72 दिनांक 18.4.1972 के द्वारा गंगा बेसिन राज्यों में बाढ़ की समस्या के निदान एवं उसके प्रबंधन के लिए की गई थी। इसकी स्थापना गंगा बाढ़ नियंत्रण परिषद् के सचिवालय एवं कार्यपालक स्कंध के रूप में की गई थी । इस परिषद् के अध्यक्ष माननीय केंद्रीय जल शक्ति मंत्री, जल संसाधन विभाग, भारत सरकार हैं, बेसिन राज्यों के मुख्यमंत्री या उनके प्रतिनिधि एवं सदस्य योजना आयोग इसके सदस्य हैं । अध्यक्ष, गंगा बाढ़ नियंत्रसण आयोग, इस परिषद् के सदस्य-सचिव हैं ।

इस आयोग के प्रधान अध्यक्ष हैं, जिनके सहयोग के लिए दो पूर्ण कालिक सदस्य,चार निदेशक एवं सहयोगी कर्मचारी हैं । संबंधित केन्द्रीय मंत्रालय के प्रतिनिधि के साथ-साथ बेसिन राज्यों के मुख्य अभियंतागण या तो इस आयोग के अंशकालिक सदस्य हैं या स्थाई आमंत्रित सदस्य हैं ।